a. RNA ISH檢測后(大鼠腦冠狀切面)，對應病理區域圈選
b. RNA ISH檢測后(肝組織)，圈選ROI區域劃分
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技術服務完善的多組學（DNA\RNA\蛋白）檢測平臺
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RNA ISH 圖像數據分析
引言
RNA 原位雜交(RNA in situ hybridization，RNA ISH)是一種在組織或細胞水平檢測特定 RNA 表達與定位的技術。它利用標記的核酸探針與待檢測 RNA 特異性雜交，通過檢測標記物確定 RNA 位置與豐度，可用于基因表達、疾病診斷等研究領域，定位準確且能結合形態學分析。美國ACD公司研發的RNAscope技術屬于新一代RNA原位雜交技術，相比傳統RNA原位雜交技術有著明顯的優勢。
菲諾維康通過引入Visiopharm公司具有領先圖像分析人工智能算法生成了"菲諾維康全切片分析(Pheno whole slide analysis, PWSA)平臺"，可以對RNA ISH染色后掃描圖片進行數據分析，挖掘圖像的豐富數據信息。
分析內容
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分析名稱 |
分析內容 |
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病理標注 |
病理區域劃分 |
掃描圖像中，進行病理區域的劃分 |
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ROI區域劃分 |
有在一張切片進行 多個ROI區域劃分需求 |
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分析名稱 |
分析內容 |
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陽性RNA信號識別（不包括細胞核） |
RNA ISH單靶點陽性RNA信號識別 (不包括細胞核) |
識別ROI/圈選/全切片區域內陽性RNA信號，并進行計數、面積統計和信號點的密度分析 |
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RNA ISH雙靶點陽性RNA信號識別 (不包括細胞核) |
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RNA ISH三靶點陽性RNA信號識別 (不包括細胞核) |
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c. 識別RNA ISH檢測結果圖中所有陽性RNA信號點，根據RNA陽性信號點的面積劃分為紅色 (<1.5μm2), 黃色 (1.5μm2- 5μm2), 粉色 (≥5μm2)
d. 識別RNA ISH檢測結果圖片(左側)中所有陽性RNA信號點(右圖，三色偽彩標記)
分析案例1：小鼠腦組織的RNAscope三色熒光檢測
圖注：在小鼠大腦冠狀切片中檢測大腦皮層RNA表達。
圖f為檢測結果掃描件局部放大圖片(40x，黃色，粉色和綠色信號點分別為三種不同RNA探針的陽性信號)；圖g為識別的f圖中所有陽性RNA信號點；圖h為f圖區域識別的所有類型的RNA陽性細胞。
表格中給出每個樣本中兩側大腦皮層的組織面積，細胞總數、不同RNA搭配組合標記細胞的數量、陽性率以及細胞密度。
分析案例2：大鼠腦的RNAscope(紅色)檢測
圖注：在大鼠大腦冠狀面切片中檢測Rn-Crem在對照組(i)和實驗組(l)中，海馬區及黑質區域的轉錄差異(i和l圖中紅色信號點為該RNA陽性信號)。
圖g和m為識別的檢測結果圖片中所有陽性RNA信號點(紅色偽彩標注)；圖k和n為識別的所有的細胞。
表格中給出每個大鼠樣本中兩側海馬，兩側黑質區域的組織面積，細胞數量，RNA陽性信號的點數，信號點的密度以及平均每個細胞的RNA信號點數。
分析案例3：人肺癌樣本RNAscope + mIHC 檢測
圖注：在人肺癌樣本中進行RNAscope (粉色、紅色、黃色熒光素分別標記三種RNA信號：marker 4、5、6) + mIHC/mIF (煙藍色、綠色、白色熒光素分別標記三種蛋白信號：marker 1、2、3)檢測，對全掃描件進行數據分析。
圖o為全切片原始掃描圖像(20x)截選的一個區域;
圖p和q為對腫瘤實質和腫瘤間質區域進行識別以及對腫瘤實質和間質內不同類型陽性細胞的識別(分析結果見表格中的灰色區域部分)；
圖r和s為對腫瘤組織邊界范圍內0-25μm(粉色偽彩)、 25-50μm(紅色偽彩)，腫瘤組織外0-25μm(綠色偽彩)、 25-50μm(黃色偽彩) 和 內部腫瘤組織(白色偽彩)的區域識別以及在不同識別區域內特定標記組合細胞的識別(分析結果見表格中藍色區域部分)；
圖t和u為本研究感興趣的某類陽性細胞的識別，在腫瘤實質區域內對該類細胞周圍0-25μm，25-50μm，50-75μm三個梯度范圍的組織區域，依次標記為綠色、紅色和黃色偽彩以及在這三個梯度內的其他特定標記組合細胞的識別(分析結果見表格中綠色區域部分)。
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